Το Τμήμα Πληροφορικής και Τηλεπικοινωνιών λειτουργεί από το ακαδημαϊκό έτος 2008-09 τα παρακάτω Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) στην επιστήμη της πληροφορικής και των τηλεπικοινωνιών, τα οποία απονέμουν Μεταπτυχιακό Δίπλωμα Ειδίκευσης (Μ.Δ.Ε.):

• στις Σύγχρονες Ασύρματες Επικοινωνίες (email: wireless@go.uop.gr)
• στην Επιστήμη Υπολογιστών (email: cstpms-secr@uop.gr, τηλ: 2710 372299).

Επίσης, το Τμήμα Πληροφορικής και Τηλεπικοινωνιών συμμετέχει στα εξής διατμηματικά και διιδρυματικά μεταπτυχιακά προγράμματα σπουδών:

• Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο  "Επιστήμη δεδομένων/Data science", σε συνεργασία με το Ινστιτούτο Πληροφορικής και Τηλεπικοινωνιών του Εθνικού Κέντρου Έρευνας Φυσικών Επιστημών “Δημόκριτος” Π.Μ.Σ. (e-mail:  DataScience@iit.demokritos.gr, τηλ: 210 650 3204)
• Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών στη Διαστημική Επιστήμη, Τεχνολογίες και Εφαρμογές (Space Science, Technologies and Applications), από το ακαδημαϊκό έτος 2015-2016, σε συνεργασία με το Εθνικό Αστεροσκοπείο Αθηνών (email: info@space.uop.gr, τηλ: 2103490023 & 2710232191)